La labor fundamental del Centro es la Medicina Deportiva Preventiva, Orientadora, y de Seguimiento de los deportistas.

La obtención de éxitos deportivos en competiciones nacionales e internacionales exige la existencia de un equipo profesional altamente cualificado que, con el soporte material adecuado y a través de una bien estudiada infraesctructura, seleccione a los individuos con mejores cualidades y los vigile en su evolución, tanto desde el punto de vista de su entrenamiento como desde la perspectiva de su salud.

Esa es la línea de trabajo que sigue el Centro Regional de Medicina Deportiva que tiene como objetivo la prevención, la orientación y el seguimiento de los deportistas con el fin de potenciar sus posibilidades físicas y técnicas.
El Centro atiende, gratuitamente, a todos los deportistas federados de Cantabria, excepto en el caso del fútbol.